菠菜也有缺点，由于它含草酸较多，吃起来有点发涩。草酸容易和食物中的钙结合形成不溶性的草酸钙，妨碍人体对钙的吸收。长期吃草酸含量高的食物，还容易产生肾结石。因此，吃菠菜前最好用水焯一下，经过水焯以后菠菜中80％的草酸便可被除去。但焯的时间不宜太长，否则会降低菠菜中维生素的含量。焯过以后的菠菜不仅营养成分丢失不多，而且口感较好。

婴幼儿，肺结核、软骨病患者，为了不影响钙的吸收，最好少吃或不吃菠菜。菠菜具有一定的滑肠作用，腹泻患者最好也不要吃。