可可树的果实在传入欧洲之前已被南美洲和中美洲的奥尔梅克印第安人食用了很长时间。

奥尔梅克印第安人首次使用了“可可”这个词。玛雅印第安人进一步将可可树进行农业种植，并生产出第一种可可饮料。阿兹台克人相信，是他们的羽蛇神把可可豆赐予人类。

阿兹台人信奉可可豆，把它用于宗教仪式和作为神的礼物。可可是阿兹台克人日常生活的组成部分，它被作为流通的货币使用。但只有贵族和勇士才能食用。 人类首次食用的巧克力是一种带有辣味和苦味的饮料。古代的阿兹台克人将可可豆烘烤并磨成粉，与水和玉米粉混合后，加入辣椒，吹打成泡状。这种饮料被称为“巧克力特尔”（Chocolatl）。 阿兹台克族的统治者Montezuma和他的朝中官员每天要喝50罐巧克力特尔。这种被称为万能药的珍贵饮料盛装于只用一次就被扔入湖中的金制高脚杯中。 第一个发现巧克力的欧洲人据信是克里斯托弗·哥伦布。

他在1502年从“新世界”归来后，将巧克力介绍给斐迪南国王的朝廷。几十年后，西班牙探险家赫尔南多·廓特兹在他征服墨西哥期间，从阿兹台克贵族那里发现了可可豆。 十六世纪在西班牙贵族中扩大巧克力影响的是哥伦布和廓特兹，但西班牙的玛丽亚·萨尔莎公主是在欧州掀起巧克力狂热的人。

她将可可豆作为订婚礼物献给路易十四。 在近一个世纪的时间里，巧克力一直成为西班牙秘而不宣的食物。其后1606年这种食物才在意大利开始流行。1642年，巧克力被作为药品引入法国，由天主教人士食用。 这种饮料实在太受欢迎，于是第一家“巧克力屋”在1657年成立，成为专门为普通大众提供热甜巧克力商家。 巧克力饮品在1765年进入美国，当时第一个巧克力工厂在新英格兰开张。甚至连托马斯·杰斐逊这个公认的美食家也称赞“巧克力具有健康和营养的优点”。

巧克力与其他许多著名的历史人物都有着广泛的关联。由于卡萨诺娃和杜巴利夫人相信巧克力可增加浪漫情调，巧克力因此在欧洲被推崇到了一个新的高度。1657年，它变得越发地时髦，英国建立起了许多“巧克力屋”向公众供应巧克力饮料。 1828年，荷兰的Coenraad Van Houten发明了一种可以把可可脂从可可豆中提取出来的螺旋挤压机。这种Van Houten的碱式加工法（后来被称为“荷兰式”）可以去除可可中的酸味和苦味，生产出更柔软、更甜的巧克力饮料。

如今，碱式加工的可可粉仍被称为荷兰巧克力。 巧克力一直被人们作为一种饮料，直到1847年巧克力才成为我们现在所熟知的固体形式。发明者在巧克力饮料中加入可可脂，成功地生产出了可咀嚼的巧克力块。牛奶巧克力于1876年问世，当时瑞士巧克力生产商Daniel Peter发现，向巧克力中加入奶粉可生产出更柔软和更淡的巧克力。

1911年Frank和Ethel Mars开始在美国华盛顿州生产巧克力。 真正刺激美国巧克力工业发展的是第一次世界大战。美国陆军军需团委托许多美国巧克力制造商生产20-40磅的巧克力块，运到战场的基地。这些巧克力块被切成小片，分发给在欧洲作战的美国士兵。最后，把巧克力包成小块的任务又落到了生产商的肩上。